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碳源-玉米淀粉及其水解液是抗生素、氨基酸、核昔酸、酶制剂等发酵中常用的碳源。马铃薯、小麦、燕麦淀粉等用于有机酸、醇等生产中。液化淀粉可被微生物产生的胞外淀粉酶和糖化酶逐步分解成葡萄糖，被菌体吸收利用。 根据微生物利用碳源速度的快慢，可将碳源分为速效碳源（readily metabolized carbon source），如葡萄糖、燕糖；迟效碳源（gradually metabolized carbon source），如乳糖、淀粉。葡萄糖等易被菌体迅速利用的糖类对许多产物合成有反馈调节作用，应注意控制其浓度，或与被菌体缓慢利用的多糖组成混合碳源，有利于目标产物的合成。如青霉素发酵中，葡萄糖能阻過青霉素的合成，而乳糖对青霉素的合成几乎无阻過作用。如果采用成本较低的葡萄糖作为青霉素合成的碳源，需采用流加等控制方式。
碳源的定义碳达峰、碳中和热度高居不下，二氧化碳的排放已经对我们的生活造成重大影响。动植物以及人类的生活过程所排放的碳也可称之为碳源。土壤、矿物质、海洋、动植物、工业生产、人类生命活动都会产生二氧化碳的排放，二氧化碳排放、温室气体猛增，对人类生命造成威胁不断加大。碳源排放控制已经成为全球关注的话题，减少碳源排放量也是未来人类需要共同努力的目标。废水处理所用碳源通常被认为是含碳元素并容易被微生物利用，促进微生物生长的营养物质。是常说的短碳链、简单分子结构的含碳有机物。比如：单糖、多糖类，油脂类，有机酸类、酯类及小分子醇类。微生物降解有机物的过程中，其中关键酶、中间产物的差异，作用的微生物菌不一样，也就是说不同的碳源降解的生物途径存在差异。
